Desde 01 de outubro as regras de responsabilidade de emissão do MDF-e para algumas situações específicas mudou e as empresas que não se atentarem podem ter suas cargas retidas em postos de fiscalização.

Segundo o Ajuste SINIEF 13, de 15 de agosto de 2014, a nova legislação é:

"§ 7º Na hipótese estabelecida no inciso II desta Cláusula, a obrigatoriedade de emissão do MDF-e é do destinatário quando ele é o responsável pelo transporte e está credenciado a emitir NF-e.".

Cláusula segunda Este ajuste entra em vigor na data de sua publicação no Diário Oficial da União, produzindo efeitos a partir de 1º de outubro de 2014.

Após a divulgação do Ajuste, a regra passa a mudar no transporte de mercadorias cobertas por NF-e que foram adquiridas de outro, mas que a responsabilidade de transporte é do comprador. Anteriormente, o fabricante ou vendedor era responsável por emissão do MDF-e que acobertava a mercadoria, juntamente com o CT-e. 

Desenvolvedores que possuírem emissores de MDF-e em sua carteira, fiquem atentos e comuniquem as empresas. Esse ajuste tem caráter nacional.

Algumas empresas relataram que tiveram cargas retidas pela incorreta emissão do MDF-e ou ausência do mesmo por esses casos.